El equipo parte de la cantera inagotable del C.D. Maristas de Burgos y ha conseguido importantes logros en categorías inferiores, culminados con campeonatos de Castilla y León y untítulo nacional en infantiles. En la temporada 2005 / 06 el equipo junior consiguió por vez primera clasificarse para la fase final del Campeonato de España.
Durante tres años el equipo compite en la categoría, independizándose el club en el año 2001 y pasándose a llamar por su nombre actual CB Atapuerca. Tras tres temporadas de consolidación en liga EBA, se dio el salto a liga LEB2.
Finalmente en la temporada 05/06 el club consiguió su objetivo del ascenso a LEB1: 1º en liga regular con 6 victorias consecutivas en los play-offs. Pero fue en la temporada 08/09 donde las cosas empezaron a cambiar gracias a la llegada del técnico Andreu Casadevall, el cual consiguió la primera Copa Castilla y León para el club y meter por primera vez en su historia al equipo en el playoff por el ascenso, al terminar la temporada en 9ª posición. Pero el sueño duró poco, ya que el equipo cayó en su serie de cuartos de final contra Alicante Costablanca.
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